Ученые ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста (д.б.н., академик РАН Зиновьева Н.А., в.н.с., к.б.н. Доцев А.В., в.н.с., к.с.-х.н. Сермягин А.А., в.н.с., к.б.н. Денискова Т.Е., с.н.с., к.б.н. Абдельманова А.С., в.н.с., к.б.н. Харзинова В.Р.) в сотрудничестве с учеными из Венского университета естественных наук (профессор Солкнер Й.), Института геномной биологии Лейбница (PhD Рейер Х., профессор Виммерс К.) и Венского ветеринарно-медицинского университета (профессор Брем Г.) исследовали геномную архитектуру двух старейших отечественных пород крупного рогатого скота — ярославской и холмогорской.
Аборигенные породы скота могут нести специфические «отпечатки селекции», являющиеся отражением адаптации пород к локальным условиям окружающей среды и реакции на используемую стратегию разведения. С использованием ДНК-чипов высокой плотности было выполнено полногеномное генотипирование чистопородных племенных животных, представляющих разные генеалогические линии ярославского и холмогорского крупного рогатого скота. Выбор пород для исследований был неслучаен. Ранее проведенные исследования (Sermyagin A.A. et al., 2018 — https://gsejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12711-018-0408-8 Abdelmanova A.S. et al., 2020 — https://www.mdpi.com/2073-4425/11/8/940) показали, что эти две породы созданы с минимальным участием трансграничных пород и сохранили существенную долю аутентичных компонентов в своем геноме.
Для выявления «отпечатков селекции» были объединены три статистических подхода—расчет индекса фиксации, анализ hapFLK и выявление островов с пробегами гомозиготности. Наряду с подтверждением известных регионов было выявлено по три новых области, находящиеся под давлением отбора, в геноме ярославской и холмогорской пород. Был расширен список генов-кандидатов, ассоциированных с выбранными областями генома, выполнена их функциональная аннотация и оценено возможное участие в искусственном отборе в связи с происхождением и развитием пород.
Полученные результаты могут быть полезны для разработки программ рационального использования и сохранения двух старейших отечественных молочных пород крупного рогатого скота.
Результаты исследований опубликованы в журнале PLoS One — https://doi.org/10.1371/journal.pone.0242200.
