Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ им. академика Л.К. Эрнста является преемником Всесоюзного научно-исследовательского института животноводства, который был основан в Москве в 1929 году. Основателем института и первым его директором был выдающийся ученый академик Е.Ф. Лискун.
В 1956 году ВИЖ был объединен со Всесоюзным научно-исследовательским институтом кормления животных и в 1961 году перебазирован из Москвы в поселок Дубровицы Подольского района Московской области.
В 1967 году институт был награжден орденом Трудового Красного Знамени за успешное проведение крупных научных исследований в области животноводства и подготовку высококвалифицированных специалистов.
В 1992 году Всесоюзный НИИ животноводства ВАСХНИЛ был передан Российской академии сельскохозяйственных наук и переименован во Всероссийский НИИ животноводства.
В 2013 году ВИЖ передан в ведение Федерального агентства научных организаций.
В 2014 году институту было присвоено имя академика Льва Константиновича Эрнста, директора института 1970-1975 гг.
В 2017 году в соответствии с приказом ФАНО России № 739 от 30.12.2016 г. ФГБНУ ВИЖ им. Л.К. Эрнста было реорганизовано в форме присоединения к нему ФГБНУ ВНИИГРЖ и ФГБНУ ВНИИФБиП и переименовано в Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный научный центр животноводства – ВИЖ имени академика Л.К. Эрнста» (ФГБНУ ФНЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста).
В 2018 году в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации № 32-р от 17 января 2018 г. к Центру было присоединено ФГБУ "Племенной завод "Ладожский".
В 2020 году в соответствии с приказами Министерства науки и высшего образования Российской Федерации от 15 декабря 2019 г. № 1397, от 30 января 2020 г. № 152 Центр был реорганизован в форме присоединения к нему ФГБНУ «Центр экспериментальной эмбриологии и репродуктивных биотехнологий» и ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт интегрированного рыбоводства» с последующим переименованием в Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ имени академика Л.К. Эрнста» (ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л. К. Эрнста).
К юбилею института была подготовлена и издана книга "ВИЖ – флагман зоотехнической науки", в которой отражена его история, описаны отделы, разработки и достижения учёных, подведены итоги и представленны задачи научных исследований, направленных на дальнейшее развитие и повышение эффективности отечественного животноводства.
