Отчет по проекту № 21-76-10038 (РНФ)

Получены коэффициенты, свидетельствующие о существенных различиях в доле изменчивости признаков, обусловленной генотипом животных. Наследуемость признака «толщина шпика над 6-7 грудными позвонками» у свиней крупной белой породы находилась на относительно среднем уровне (0,192) и демонстрировала более существенное значение, чем аналогичный показатель у свиней породы ландрас (0,068); околонулевые значения коэффициента наследуемости были характерны для признака «число мумифицированных поросят» у обеих выборок (0,003 и 0,013, соответственно). Относительно высокий уровень наследуемости продемонстрировали признаки «живая масса свиноматки в день взвешивания» (0,717), «живая масса приплода в день взвешивания» (0,478) и «общее число живых поросят в помёте» (0,450) в выборке свиней породы крупная белая. В выборке свиней породы ландрас, наивысшими значениями коэффициентов наследуемости характеризовались признаки «глубина «мышечного глазка» (0,328), «живая масса свиноматки в день взвешивания» (0,339) и «общее число живых поросят в помёте» (0,204). Для проведения анализа ассоциаций были отобраны 51454 (крупная белая) и 48978 (ландрас) SNP, прошедших фильтрацию по всем параметрам качества. Было идентифицирован 37 SNP, достоверно (p<0,00001) ассоциированных с толщиной шпика над 6-7 грудным позвонком у породы крупная белая, а у свиней породы ландрас – 73 SNP. Выявлены гены-кандидаты, отвечающие за: развитие нервной системы и аксоногенез нейронов периферической нервной системы (ген ATXN1, ген NEFH); развитие почек, внутриклеточный транспорт белка и развитие сердца (ген AP1B1); положительную регуляцию процесса катаболизма клеточных белков (ген TNFAIP3); положительную регуляцию дифференцировки жировых клеток (ген CDS1); процесс метаболизма желчных кислот, развитие ткани (ген NR5A2); развитие эмбриональной скелетной системы (ген KIAA1217); организацию цитоскелета (ген FARP1); сенсорное восприятие вкуса (ген ASIC2); развитие системы кровообращения (ген NXN); развитие памяти (ген GRIA1); мозга (ген MACROD2); гомеостаз глюкозы (ген GCK); сперматогенез (ген SPATA6). Гены TNFAIP3, CDS1, AP1B1, NEFH также выявлены у признака «толщина шпика над 10-12 грудным позвонком», а ген CDS1 – у признака «площадь «мышечного глазка». По признаку «площади «мышечного глазка» у породы крупная белая идентифицировано 37 SNP, а у свиней породы ландрас – 8 SNP. Выявлены 3 гена-кандидаты, отвечающих за прогнозирование и молекулярные функции организма (ген PDE4D, ген TRPA1, ген RUNX2). По количеству мумифицированных поросят у крупной белой породы свиней было идентифицировано 53 SNP. Выявлены гены-кандидаты, отвечающие за: вирусный процесс (ген BICD1); развитие коры головного мозга, дифференцировку нейронов (ген TRAPPC9); положительную регуляцию защитного ответа организма на вирус, регуляцию миграции лейкоцитов (ген PTPN22); морфогенез органов животных, развитие тканей, регуляцию развития проекции нейронов (ген NTNG1); развитие сердца, морфогенез ткани сердечной мышцы желудочка, потенциал действия клеток сердечной мышцы желудочка, межклеточную передачу сигналов, участвующих в сердечной проводимости, регуляцию сердечного ритма посредством проводимости, регуляцию потенциала действия клеток желудочковой сердечной мышцы (ген PKP2). По количеству мертворожденных поросят у породы крупная белая выявлено 15 SNP. Идентифицирован ген ARHGAP12, отвечающий за фагоцитоз. У породы ландрас, по данному признаку, выявлено 12 SNP. По показателю живой массы поросят в день отъема выявлено 27 SNP у породы крупная белая, у свиней породы ландрас – 17 SNP. Выявлены гены-кандидаты, отвечающие за: морфогенез организма (ген TP63 и ген LRP5); образование нервно-мышечной ткани (ген FGF12); сенсорное восприятие слуха и двигательный процесс (ген OTOG). Показатель собственной живой массы животного у крупной белой породы идентифицируется 10 SNP, у породы ландрас – 38 SNP. Выявлены гены-кандидаты, отвечающие за: регуляцию дифференцировки жировых клеток (ген TAF8); процесс иммунной системы (ген IRF7); иммунный ответ организма (ген IGF1R). На основании полученных параметров генетического разнообразия были определены корреляционные взаимосвязи признаков на генетическом уровне. Высокая степень взаимосвязи признаков собственной продуктивности (толщина шпика на разных участках, живая масса, глубина мышечного глазка) представляется обусловленной естественными анатомическими особенностями животных. Интерес же представляет статистически значимая взаимосвязь этих признаков с признаками воспроизводства, такими, как число мумифицированных поросят, число живых поросят в помёте, а также масса помёта при отъёме и число отнятых поросят.