В ходе выполнения первого этапа проекта создана УНУ «Сетевая биоресурсная коллекция сельскохозяйственных животных, птиц, рыб и насекомых» (Регистрационный номер УНУ на портале: 3078721. Дата регистрации: 27.12.2021). Созданная инфраструктурная единица будет служить источником информации для сохранения, изучения и каталогизации биоразнообразия национальных и мировых генетических ресурсов сельскохозяйственного назначения. Разработанное Положение о сетевой биоресурсной коллекции сБРК СХЖ является важнейшим мероприятием, направленным на решение задачи стимуляции внутрисетевого взаимодействия локальных коллекций, входящих в сБРК СХЖ, обеспечения доступа локальных коллекций к оборудованию, методикам, генетическим и информационным ресурсам Центров коллективного пользования и Уникальных научных установок организаций – участников проекта. Разработан проект русскоязычной версии WEB-сайта сБРК СХЖ. Он будет являться единой информационной платформой отражающей актуальную информацию о коллекционных фондах локальных биоресурсных коллекций (образцы биоматериала, ДНК, генотипы для проведения широкого спектра молекулярно-генетических исследований, сохранения, совершенствования и поддержания генофонда сельскохозяйственных и диких видов животных, птицы, рыб и насекомых).
Разработанные в ходе проекта единые требования описания различных типов биоматериалов, автоматизированная каталогизация которых позволит получать объективную информацию для изучения биоразнообразия национальных и мировых генетических ресурсов сельскохозяйственного назначения. Важной составляющей для опубликования результатов исследований на депонированных образцах сБРК СХЖ является объективность и законность предоставляемой информации. Разработан паспорт описания различных типов биоматериалов (для образцов семени, эмбрионов, ткани, крови и ДНК), депонируемых локальными коллекциями, входящими в сБРК СХЖ для оформления (составления) понятной и лаконичной документации, сопровождающей стандартный образец биоматериала. Разработанные и апробированные стандарты мечения значительно облегчают и ускоряют работу по идентификации и учету птиц и животных, позволяют дистанционно прочитать микрочип птицы без открывания клетки и беспокойства животных.
Проведенное в ходе реализации проекта тестовое мечение кур (на курах используется впервые) с помощью чипов показало свою пригодность для дальнейшей работы. Разработан стандарт мечения птицы, в котором нашли отражение все сложные моменты этого процесса. В ходе выполнения исследований были разработаны и верифицированы порядки получения, оценки и хранения различных типов биоматериала, и требований, предъявляемых к различным типам биоматериала, для депонирования в сБРК СХЖ. Разработан порядок получения, оценки и хранения различных типов биоматериала (сперма, эмбрионы, ткань, кровь и ДНК), депонируемых локальными коллекциями, входящими в сБРК СХЖ.
Развитие сБРК СХЖ на первом этапе направлено на пополнение и расширение коллекционного фонда различными биологическими материалами. На первом этапе была пополнена коллекция образцов:
- быков 80 образцов спермы быков 2 пород (холмогорская, черно-пестрая),
- мелкого рогатого скота 1350 образцов спермы 9 пород (джалгинский меринос, российский мясной меринос, цигайская, ставропольская, северо-кавказская мясошерстная, шароле, Иль-де-Франс, поллдорсет, дорпер),
- жеребцов-производителей 150 образцов спермы 3 пород (тракененская, орловская рысистая, вятская),
- медоносной пчелы 60 образцов спермы медоносной пчелы 6 пород (серая горная кавказская, краинская (карника), карпатская, среднерусская, дальневосточная, «Приокский тип» среднерусской породы),
- биоматериала СХЖ и птицы 500 образцов (свиньи породы дюрок, куры пород пушкинская и царскосельская).
Разработаны требования к полногеномному SNP-генотипированию, которые включают: критерии количественных и качественных характеристик ДНК пригодной для генотипирования, методы проведения полногеномного SNP-генотипирования, требования к результативности генотипирования. Разработанные требования повысят информативность результатов при дальнейшей оценке генетического разнообразия видов и пород сельскохозяйственных животных.
В рамках плана-графика проведено генотипирование образцов:
- кур 280 голов 5 пород (русская белая, орловская, фавероль, новопавловская, украинская ушанка)
- крупного рогатого скота 55 голов 2 локальных пород (истобенская, тагильская),
- свиней 89 голов 1 локальной породы (ливенская).
Проведенные в рамках проекта исследования геномной архитектуры истобенской и тагильской пород крупного рогатого скота показали сохранение в обеих породах собственных геномных компонентов, хотя у части животных в формировании генетической структуры пород проявляется заметное участие голштинов.
Исследования современной популяции свиней ливенской породы показывают, что у них сохраняются исходные геномные компоненты. Большая часть свиней современной популяции характеризуется геномной архитектурой, сходной с историческими образцами. Проведенные нами исследования у пяти пород кур показали, что исследуемые породы имеет уникальную генетическую архитектуру. Две линии новопавловской (восстановленной павловской) породы сходны между собой, но значительно отличаются от других исследованных пород. Различные виды анализа выявили сходство украинской ушанки и орловской породы кур, которые образовали отдельный кластер. Однако орловская порода представляет собой уникальную и генетически однородную популяцию. Исследованные породы животных, являются ценнейшим национальным генетическим ресурсом и могут быть кандидатами для использования в программах сохранения пород.
Исходя из вышеизложенного, создание сБРК СХЖ на первом этапе привело системным эффектам расширения взаимодействия локальных коллекций, объединенных общими задачами исследования. Значительно расширилось взаимодействие между структурами за счет объединения и обмена информацией о коллекционных фондах на общем на созданном и на данный момент работающем в тестовом режиме WEB-сайте сетевой коллекции. Объединение в рамках реализации проекта предоставило для локальных коллекций улучшенные возможности развития в том числе и за счет пополнения ресурсов оборудованием и расходными материалами для проведения исследований, в том числе из средств финансирования данного проекта.
