Отчет по проекту № 17-29-08030 (РФФИ)

По результатам второго года выполнения проекта, пополнена референтная группа палево-пестрого скота России, в которую вошли популяции: симментальской, сычевской, красно-пестрой (голштинизированные симменталы с разной долей голштинских генов) пород. В настоящий момент выборка образована 268 гол. быков-производителей, принадлежащих разным региональным популяциям симментальской и родственных ей пород. Проведена оценка генетической ценности быков голштинской, симментальской и красно-пестрой пород для установления рангов популяций в объединенной выборке скота. Лидирующую позицию заняли голштинские производители красно-пестрой масти (+57,0 кг молока), далее следуют симментальские (-15,4 кг), при этом наименьший селекционный эффект получен для красно-пестрых быков (-69,4 кг) при их использовании в племенных стадах симментальской породы. Дан прогностический (предварительный) анализ полногеномных ассоциаций (GWAS) для оценки племенной ценности по признакам молочной продуктивности и фертильности дочерей быков, который имел умеренные значения сопряженности между EBV и локусами количественных признаков на хромосомах: для удоя - BTA3, BTA5, BTA9, BTA10, BTA15, BTA21 и BTA29; для процента жира - BTA2, BTA3, BTA5, BTA8, BTA9, BTA10, BTA14, BTA16, BTA17 и BTA20; для процента белка - BTA3, BTA5, BTA6, BTA11, BTA15 и BTA24; для продолжительности сервис-периода - BTA1, BTA19 и BTA21. Аннотированы гены, ассоциированные с данными признаками. Определены частоты встречаемости генотипов по селекционно значимым генам белков молока, липидного обмена, дана популяционная характеристика персистирования рецессивных летальных и полулетальных генетических дефектов (мутаций) в палево-пестрой популяции скота. В рамках создания референтной группы быков-производителей изучена пополненная выборка животных разного происхождения (страна-оригинатор, генеалогическая группа). Определены кластеры и выделены семейства на популяционном уровне. Показано генетическое родство симменталов российской селекции и сычевской породы, немецко-австрийской группы животных. Анализ неравновесия по сцеплению между SNP-маркерами показал, что популяция голштинизированного симментальского, сычевского скота, симменталов западного и российского происхождения может быть использована как консолидированная группа животных для прогнозирования геномной племенной ценности (LD колебался на хромосомах в пределах 0,139...0,212). Использование в оценке единой популяции животных, объединенной с голштинской породой, даст смещение оценок как в сторону их завышения, так и занижения. Эффективность геномного прогноза для популяции палево-пестрого скота России, по сравнению с голштинским, может оказаться ниже в полтора-два раза. Разработана трёхзвенная архитектура автоматизированной системы по оптимизации разведения скота симментальской и родственной ей пород на общенациональном уровне управления племенными ресурсами с использованием структурированной базы данных: учет продуктивности, родословные, геномная информация, логический контроль, модули расчета генетической (BLUP Animal Model) и геномной (GBLUP) племенной ценности. Верификация геномного прогноза племенной ценности (DGV), по сравнению с генетической оценкой по качеству потомства (EBV) показала умеренный уровень повторяемости результатов для удоя - 37,6%, молочного жира - 39,8%, молочного белка - 43,6% при данном размере референтной группы на сегодняшний момент.